Popisovaná zdravotní témata nemohou být náhradou za odborné zdravotní vyšetření. Pro stanovení zdravotních závěrů je vždy třeba obrátit se na lékaře.
Cystein patří mezi ne-esenciální aminokyseliny. Vzniká z methioninu, esenciální aminokyseliny, obsahující síru, za přispění pyridoxinu, vitaminu B6. Je vytvářen v játrech. Obě dvě aminokyseliny jsou využívány v praxi buď samostatně nebo v případě methioninu i v kombinacích, ve směsích látek podporujících přeměnu tuků na energii. Obě dvě jsou významnými detoxikačními činidly a v podstatě i ochránci před zářením a chemickými vlivy.
Patří tudíž mezi antioxidanty, např. spolu s glutathionem (který z něho vzniká) a který mimo jiné obsahuje jako jednu ze svých tří aminokyselinových složek právě cystein. Glutathion je (i společně s cysteinem) z nejúčinnějších antioxidantů a odstraňovačů volných radikálů. Glutathion rovněž chrání játra a mozek před negativním vlivem cigaret a alkoholu a napomáhá v transportu aminokyselin. Neutralizuje aldehydy, látky vzniklé metabolismem lipidů a alkoholů. Nejúčinnější je kombinace glutathionu s vitamínem E a selenem. Je možné že může hrát pozitivní roli v prevenci aterosklerózy, srdečních příhod, rakoviny a artritidy. Je významnou stavební součástí bílkovin a podílí se na udržení přiměřeného správného, (tzv.oxidačně-redukčního) prostředí v buňce. Vyskytuje se ve většině bílkovin, i když v některých jen v malém množství. Dále se vyskytuje v cibuli, česneku, brokolici, ovsu, žloutku, červené paprice a růžičkové kapustě.
Po chemické stránce je cystein kyselina 2-amino-3-merkaptopropanová a obsahuje síru. Někdy bývá cystein zaměňován s podobně znějícím cystinem, což je však látka složená ze dvou molekul cysteinu a spojená chemickým útvarem nazývaným sulfidickým můstkem. Cystein tvoří látku acetylkoenzym A přes pyruvát a proto nese označení glukogenní. Trochu se zmíním o uvedených sloučeninách. Acetylkoenzym A je jeden z důležitých metabolitů v našem organismu a účastní se řady biochemických reakcí. Tvorba zmíněného pyruvátu je jedna z nich. Pyruvát je konečný produkt metabolismu cukrů a škrobu a svým působením šetří glukózu, která je důležitá pro mozek a červené krvinky. Pyruvát dále šetří i zásoby glykogenu – má tím regenerační funkci. Pyruvát je látka, která může hrát i důležitou roli při hubnutí, protože někteří vědci uvádějí, že užívání pyruvátu napomáhá odbourávání tuků a minimalizuje s tím spojené odbourávání proteinů v těle, což je dosti výjimečné, protože obvykle dochází i k nežádoucímu odbourávání proteinů. Označení glukogenní znamená, že při odbourávání poskytují meziprodukty, z nichž lze metabolickou cestou vybudovat sacharidy (resp. glukosu).
Může být tedy vhodný pro osoby trpící hypoglykémií, jelikož blokuje nadbytečný inzulin. Z opačného důvodu je samozřejmě zakázán diabetikům. Cystein se může užívat jako součást ochrany před znečištěným životním prostředím, včetně kouření a alkoholu. Dále cystein dokáže ochránit před nebezpečím předávkování mědí (například při použití měděného nádobí nebo u vinařů při konzumaci vína s vysokým obsahem skalice modré). Zlepšuje odkašlávání při bronchitidách a jiných onemocněních respiračního traktu. Odvozená látka z cysteinu, N-acetylcystein je součást mnoha léků na podporu vykašlávání. Je také silnou antioxidační látkou a uklizečem volných radikálů. Cystein se používá i jako součást směsí ke zlepšení stavu vlasů a nehtů. Je doporučován i kuřákům v kombinaci s vitaminem C. Kombinace s vitaminem C má i jiný význam. Vitamin C napomáhá zabraňovat v metabolismu jeho přeměněně na cystin, který může způsobovat ledvinové kameny. Kontraindikace je hepatitida jakéhokoliv typu a cukrovka (pro jeho glykogenní efekt), uremici (osoby s nemocnými ledvinami – riziko tvorby cystinových kamenů).